如果你在与老板协商后，对方仍然拒绝按约定的6000元底薪支付工资，你可以依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定进行维权。该法规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。你可以向劳动行政部门举报，或直接申请仲裁。在仲裁或诉讼时，根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》，除要求全额支付工资外，还可要求加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
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从法律角度，你可以准备以下证据来支持你的主张：一是劳动合同或录用通知书，证明双方约定的底薪为6000元；二是工资条或银行流水，证明实际发放的底薪为5000元；三是与老板的聊天记录或录音，证明对方承认薪资差额；四是同事的证言，如果可能的话，也可以作为辅助证据。
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除了向劳动行政部门举报和直接申请仲裁外，你还可以尝试以下方式解决薪资纠纷：一是寻求工会帮助，工会可以代表你与用人单位进行协商；二是如果双方有签订仲裁协议，也可以选择向约定的仲裁委员会申请仲裁；三是考虑与用人单位达成和解协议，明确薪资支付方式和时间。